Trong những năm tiếp theo, các bên quốc gia ký kế Công ước này đã bổ sung thêm các quy định bằng 2 Nghị định thư bổ sung.

Nghị định thư đầu tiên,Nghị định thư bổ sung vào Công ước châu Mỹ về Nhân quyền trong lĩnh vực các quyền kinh tế, xã hội, và văn hóa (thường được gọi là "Nghị định thư San Salvador"), đã được mở ra để ký tại thành phố San Salvador, El Salvador, ngày 17.11.1988. Nó thể hiện một nỗ lực để đưa hệ thống nhân quyền châu Mỹ lên một tầm cao hơn bằng cách đưa ra việc bảo vệ cái được gọi là Ba thế hệ nhân quyền của Công ước trong các lãnh vực kinh tế, xã hội và văn hóa. Các quy định của nghị định thư này bao gồm các lĩnh vực như quyền làm việc, quyền được chăm sóc sức khoẻ, quyền có thực phẩm, và quyền được giáo dục. Nó có hiệu lực từ ngày 16 tháng 11 năm 1999 và đã được 14 nước phê chuẩn (xem bên dưới).[2]

Nghị định thư thứ hai, Nghị định thư bổ sung vào Công ước châu Mỹ về Nhân quyền để bãi bỏ án tử hình, được chấp thuận ở Asunción, Paraguay, ngày 8.6.1990. Khi điều 4 của Công ước đã đưa ra những hạn chế nghiêm trọng không cho các nước áp đặt án tử hình - chỉ áp dụng cho các tội ác nghiêm trọng nhất, không khôi phục (án) sau khi đã bãi bỏ, không được áp dụng cho các tội phạm chính trị hoặc tội phạm thông thường, không được sử dụng đối với những người ở độ tuổi dưới 18 hoặc trên 70, hoặc đối với các phụ nữ mang thai - thì việc ký nghị định thư này chính thức hóa sự cam kết long trọng của nhà nước là kìm lại việc sử dụng hình phạt tử hình trong bất kỳ hoàn cảnh thời bình nào. Cho đến nay nó đã được 11 nước phê chuẩn (xem bên dưới).[3]